Làng Tự Khoát đầu thế kỷ 19 là một xã thuộc tổng Nam Phù Liệt, huyện Thanh Trì, phủ Thường Tín, trấn Sơn Nam Thượng (từ năm 1831 trở đi là tỉnh Hà Nội, từ 1904 là tỉnh Hà Đông). Đầu năm 1946, làng nhập với các làng: Đông Trạch, Tương Trúc, Việt Yên thành xã Ngũ Hiệp. Năm 1926 làng có 875 người[2].

Tự Khoát ở cách cống Ngọc Hồi vài trăm mét về phía Đông, nằm trên con đường Thiên lý cổ. Do vị trí giao thông thuận lợi, dân làng còn phát đạt về buôn bán, ngoài làm ruộng và các nghề đan thúng mủng.[2].

Làng Tự Khoát trước đây có ngôi đình thờ Cao Sơn - một tỳ tướng của Đinh Bộ Lĩnh, bị tử trận trong khi đánh nhau với Sứ quân Nguyễn Siêu (năm 967), nay đình đã bị hoang phế. Làng có ngôi chùa Hưng Phúc nằm sát Quốc lộ I, cách cống Ngọc Hồi 200 mét. Tương truyền, vào cuối thời Lý, Vua Lý Huệ Tông (1211 - 1224) mắc bệnh nặng mà chưa có con nối ngôi, đất nước loạn lạc, dân chúng cơ hàn. Có hai vị công chúa xin về đất làng Tự Khoát, lấy đỉnh Trúc Lĩnh (núi có nhiều cây trúc) của làng làm nơi nghỉ. Hai Bà thấy dân chúng đói khổ, thiếu ruộng tốt để cày cấy, liền xuất hết tiền bạc của mình để mua thóc gạo cứu giúp những người nghèo rồi chiêu tập họ khai hoang để có ruộng cày cấy. Thấy làng có cả một núi trúc bạt ngàn, hai Bà tổ chức cho dân làng đẵn trúc để đan lát các loại thúng mủng, nong nia để dùng và để bán, từ đó dân làng có nghề đan lát. Hai Bà còn cho dựng am Đông Phù để sớm hôm đèn nhang cầu mong cho dân làng được no đủ, hạnh phúc[2].

Được hai năm, nhà Vua bắt hai bà về triều để gả cho quan lang ở biên giới, song hai bà nhất quyết không nghe lời. Không thuyết phục được, nhà vua cho đốt am Đông Phù nhằm triệt chỗ nương thân của hai bà. Song hai bà lại được dân làng Tự Khoát đốn về, dựng lại am trên núi Trúc, rồi mở mang am thành chùa, nên gọi là chùa Tự Khoát (chùa mở rộng), trở thành một ngôi chùa lớn trong vùng. Đáng tiếc qua thời gian, chiến tranh, nhiều công trình của chùa đã bị hủy hoại, song nhìn từ ngoài vào, thì đây vẫn là một ngôi chùa lớn và đẹp. Trước Tam quan của chùa có một doi đất cao, rộng đến hơn 2000 mét vuông, gọi là Gò Đình Yến. Tục truyền, từ khi hai vị công chúa rời bỏ Kinh thành về đây tu hạnh, vào những dịp Tết và Thanh minh, Vua Lý thường về thăm con và vãn cảnh chùa, cho mổ lợn, bò để tế thần linh tại gò này, sau đó ban yến cho triều thần. Về sau, cho dựng một ngôi miếu để thờ thần linh trời đất[2].

Tại làng cũng có một ngôi nhà thờ đạo Thiên chúa thuộc Giáo xứ Đồng Trì xây dựng năm 1932.

Làng Tự Khoát in đậm dấu tích của lịch sử đất nước trong trận đánh đồn Ngọc Hồi rạng sáng mồng 5 Tết Kỷ Dậu (1789). Đây là cửa ải trọng yếu để xiết chặt vòng vây quân Thanh ở đồn Ngọc Hồi và chặn đường tháo lui của chúng vào thành Thăng Long. Vì thế, tại đây đã diễn ra cuộc giằng co quyết liệt giữa quân Tây Sơn và quân Thanh mà một số địa danh còn ghi lại, như Đình Găng (nơi quân lính hai bên giành nhau từng tấc đất), Ao Đường (máu giặc chảy thành ao), Mả Ngô (xác giặc chất cao thành đống)...[2]

Năm 2015 một con đường mới được xây dựng chạy qua làng Tự Khoát là đường giao thông nối với đường Tứ Hiệp và khu hành chính huyện Thanh Trì tiếp nối đến đường vành đai 3 Pháp Vân Hà nội.